空氣過濾器對保持艙室供風的清潔是很重要的。但因其構造簡單，即使破損也不會立即感到有什么問題，所以往往對它的重要性重視不夠。甚至由于過濾器久未清洗，增大了通風阻力，使供風量感到不足時，有些管理人員竟干脆將過濾器拆去不用，這種作法是不對的。

　　空氣過濾器每月至少檢查清潔一次，如發現有破洞必須換新。各種過濾器清潔的方法是不同的。若為泡沫塑料濾層，可將濾層抽出，刷去鐵絲網框架上的灰塵和油垢，把塑料濾層的灰塵拍打掉，再用壓力低于8公斤／厘米的壓縮空氣從泡沫塑料層較干凈的一側向另一側將灰塵吹出。如已很臟就應該換用備品。

　　若為涂油銅絲網過濾器，則應先用刷子刷去表面污垢，再用壓縮空氣吹。若污垢較多，可用熱水沖洗或用三氯乙烯洗滌劑清洗(絕對不許用堿水)。在用三氯乙烯清洗后，必須用熱水反復沖洗干凈，待其干燥后，再噴上無毒濾網油。

　　當船舶停港時，如泊位附近正在裝卸粉塵類貨物，此時過濾器極易臟污。此外，將這種空氣吸入艙室也有礙船員健康，所以應將空調器新風口關閉，采用全回風工況運行。